Madrasah Tahfiz Al-Iman telah ditubuhkan pada tanggal 5 Julai 1999, bertempat di sebuah rumah dua tingkat di taman Pulai Utama, Skudai Johor. MTI memulakan operasi dengan khidmat 3 orang guru, dan mempunyai 5 orang murid. Berkat kesabaran dan kesungguhan mudir dan para guru, pada tahun 2000 MTI telah berpindah ke banggunan 3 tingkat di Taman Universiti untuk menampung bilangan pelajar yang semakin ramai.

MTI membuka peluang pengajian kelas Agama Fardu Ain dan Tahfiz (K.A.F.A.T). pada tahun 2004, dan mula menerima pelajar puteri. Oleh kerana sambutan yang menggalakkan, pada tahun 2007 MTI telah menyewa 4 buah banggunan 3 tingkat untuk asrama , manakala 3 buah banggunan untuk sekolah. Seterusnya MTI berjaya mendaftarkan nama sekolah sebagai pusat peperiksaan awam (UPSR,PMR dan SPM) untuk tahun 2007. Sejajar dengan cita-cita para ibu bapa yang menginginkan anak-anak mereka di didik dengan sempurna dengan untuk kecemerlangan duniawi dan ukhrawi, pihak MTI telah dihadiahkan sebidang tanah oleh seorang dermawan seluas lebih kurang 1.6 hektar disedili Kota Tinggi  ini akan di bina kompleks MTI khusus untuk memenuhi misi, dan visi Madrasah Tahfiz Al-Iman, bersesuaian dengan wawasan pelajar dan ibu bapa. Kompleks MTI yang dianggarkan berharga RM 3 juta ini akan dilengkapi dengan ruang pembelajaran yang lebih sempurna dan tersusun tanpa mengabaikan modul pendidikan yang ditetapkan oleh kementerian pendidikan, iaitu mengadakan makmal sains, makmal Komputer, perpustakaan, padang riadah dan sebagainya. Pada tahun 2017, Ma'had Tahfiz Al-Iman Sedili telah mulakan operasinya yang menempatkan pelajar-pelajar Menengah Lelaki.

Bagi merealisasikan impian yang murni ini, pihak jawatankuasa pembangunan MTI telah berusaha mengumpul dana bagi membangunkan kompleks MTI yang baru ini. Dengan izin Allah cita-cita ini hanya dapat dicapai sekiranya semua pihak berkerjasama berganding bahu dengan  pihak pentadbiran dan mendapat sokongan dari pihak kerajaan.